Het mannetje is in volle kleur voornamelijk blauwgrijs en zeer bont gekleurd met roodbruine flanken en met een kopstreep, witte tekening op de rug, maar ook op de kop, hals en borst. Achterlichaam zwart met witte vlekken op de zijden. Snavel is kort en grijsblauw. Het vrouwtje is dof zwartbruin met wit gevlekte onderborst en buik. Ze heeft twee witte vlekken voor het oog en witte vlek op de oorstreek, Snavel is donker leigrijs. Het mannetje in Eclips lijkt op het vrouwtje, maar je ziet nog wel een vaag zichtbaar roodbruin deel en wat lichte strepen. Juveniele vogels lijken als het vrouwtje maar dan wel de bovendelen wat bleker. Grootte is ongeveer 38 tot 45 cm lang, gewicht 600 gr en ze hebben een spanwijdte van 66 cm.            Ze kunnen ongeveer 12 tot 14 jaar oud worden.

De Harlekijneenden leven in kleine groepen in snelstromende beken of rivieren in de buurt van de kust. In de winter trekken ze naar zee. Ze kunnen dan ook prima tegen de sterke stroming in zwemmen en vermijden dus wild water ook niet. Zelden zie je ze in gezelschap van andere eendensoorten. Hun voedsel vangen ze duikend met gedeeltelijk geopende vleugels, en dan wel dierlijk voedsel van rotsen en stenen onder water. In de winter bestaat hun voedsel uit schelpdieren, garnalen, en in wat mindere mate wormen en vis. In de zomer eten ze insectenlarven, garnalen, waterkevers en kleine vis.